Власти Греции используют памятники исламской архитектуры Османской эпохи не по назначению, что наносит серьезный урон историческому наследию страны.
В годы, последовавшие за обретением Грецией независимости, многие османские здания использовались в качестве военных тюрем, кинотеатров, провинциальных администраций, общежитий и складских помещений.
Кроме того, десятки мечетей закрыли для посещения верующими мусульманами, а некоторые из них были преобразованы в церкви.
Многие заброшенные здания подверглись разрушению с течением времени.
Мечеть Фетхие в Афинах, построенная Фатихом Султаном Мехметом — также известным как Мехмет Завоеватель — в 1458 году, в настоящее время используется в качестве выставочного зала. А мечеть Цисдараки была перепрофилирована в музей керамики.
Не осталось никаких следов и от ряда других исторических зданий Османского периода, которые были зарегистрированы в архивах и ежегодниках.
В Салониках мечеть Хамза-бея, самая старая в городе, была закрыта из-за реставрационных работ, направленных на превращение здания в музей. Мечеть, построенная в 1467 году, ранее использовалась как кинотеатр.
Построенная в 1484 году Мечеть Аладжа Имарет, тоже находящаяся в Салониках, также была превращена в музей.
Мечеть Йени, построенная в 1904 году, закрыта для совершения молитв, а ее минарет разрушен. В настоящее время она является выставочным залом муниципалитета.
Белая Башня, один из самых значимых османских памятников в Салониках, преподносится как «византийское произведение» и символ города.
Мечети и исторические здания во многих других греческих городах, таких как Янина, Крит, Лариса и Кавала, постигла та же участь.
Преобразованы в музеи мечеть Аслан-паша в городе Янина, мечеть Вели-паша в Ираклионе и мечеть Зинджирли в Серре.